L'histoire du Sudoku remonte à un jeu de mathématicien suisse du XVIIIe siècle appelé "latin squares" (selon cet article de The Economist) et quelques-uns des premiers numéros de puzzles à apparaître dans les journaux ont été publiés en France en 1895. Mais le jeu moderne de Sudoku comme nous le reconnaissons aujourd'hui a été inventé par Howard Garns, un inventeur de puzzle freelance de Connersville, Indiana, USA en 1979 quand il a été publié dans les puzzles de crayon de Dell et le magazine de jeux de mot. Le puzzle était connu sous le nom de "Number place", car il impliquait de placer des numéros individuels dans des endroits vides sur une grille 9 x 9. Le jeu est apparu pour la première fois au Japon en 1984 où il a été donné le nom de "Sudoku", qui est court pour une expression plus longue en japonais-"Sūji wa makushn ni kagiru"-ce qui signifie, "les chiffres sont limités à un événement." Sudoku continue d'être très populaire au Japon, où les gens achètent plus de 600 000 magazines de Sudoku par mois.

Une des raisons que les puzzles de Sudoku sont si aimés au Japon, c'est parce que la langue japonaise ne fonctionne pas très bien pour les mots croisés-si un puzzle de nombre a été beaucoup plus de succès dans la culture japonaise. En outre, le Japon a tendance à aimer les énigmes, car c'est un pays où des millions de personnes font des trajets longs en train ou en bus, et ils ont besoin de tuer le temps en attendant le prochain arrêt. L'homme qui a réintroduit Sudoku "retour" au monde occidental était un juge néo-zélandais nommé Wayne Gould, qui était en vacances à Tokyo en mars 1997 quand il a découvert Sudoku dans une librairie. Il est rapidement devenu un fervent passionné de Sudoku et a passé les six prochaines années à développer un programme informatique qui pourrait générer des énigmes de Sudoku.